Sekretariatet er Studievalg Danmarks fælles sekretariat. Sekretariatets vigtigste opgaver er at medvirke til at udvikle studievalgsopgaven, understøtte samarbejdet med uddannelsesinstitutioner, skabe rammer for tværgående koordinering og for samarbejdet mellem de syv centre i Studievalg samt håndtere budgetter, årsregnskaber, mål- og resultatplaner m.v.

Sekretariatet er placeret i Odense sammen med Center Fyn.